根據一項由達能紐迪希亞 (Danone Nutricia) 委託香港理工大學進行的研究發現，剖腹生產的初生嬰，腸道內幾乎不存在雙歧桿菌，即一種可協助嬰幼兒建立良好免疫力以及保持腸道健康的益生菌種。團隊認為，剖腹生產的嬰兒在出生過程中未有接觸母親產道，可能是導致有關情況的原因。
理大研究人員收集了70個初生嬰兒出生後兩周內的糞便樣本進行研究，發現來自剖腹生產嬰兒的樣本中，幾乎不存在雙歧桿菌；相比之下，採自順產及以母乳餵哺嬰兒的37個糞便樣本，則全部發現該益生菌種達至水平。其他海外研究亦發現，為剖腹生產嬰兒提供額外的益生菌營養補充，有助於恢復其腸道內益生菌水平。
兒科專科徐梓筠表示，嬰兒出生後首數個月，是建立良好免疫系統的關鍵時期，缺乏包括雙歧桿菌等腸道益生菌，有機會影響嬰幼兒建立好的免疫力，建議應及早補充所需益生菌，對嬰兒的健康成長十分重要，並指餵哺母乳對嬰兒健康最佳。
香港理工大學應用生物及化學科技學系邱家琪指，本港多達3成8的嬰兒是經由剖腹方式出生，研究發現剖腹生產嬰兒腸道內的有益微生物數量遠低於順產嬰兒水平。事實上，在新加坡及泰國的研究亦有類似的發現，反映亞洲剖腹生產嬰兒在建立早期腸道微生物組成方面，需要特別關注。
